Den alt-dominerende kontorpakke i dag er Microsoft Office til Windows. Derfor er et oplagt spørgsmål hvordan de forskellige kontorpakker til Linux er kompatibel til MS Office.
Der er mulighed for at køre MS Office under Linux via enten den proprietære CPU-emulator (kræver mange system-ressourcer), eller via det proprietære program Crossover Office (kræver ikke mange ressourcer).
Vil man køre med open source løsninger så er OpenOffice.org det program der er længst fremme med MS Office kompatibilitet, men får ikke 100% kompatiblitet. Det er umuligt. Selv mellem forskellige "ens" versioner af Word er der en smule inkompabilitet. Mellem Word97 og Word2000 er der ting som ikke virker ens. Samme problem er der mellem Word2000 og OpenOffice.org (StarOffice er i den henseende identisk med OpenOffice.org). Man få 95-97% perfekt visning af Word-dokumenter. Er der formler er der typisk problemer, komplekse tabeller kan også blive vist lidt forkert (ofte lidt større eller mindre) og figurer. Kan man ikke leve med dette, så man betale (i dyre domme) for MS Office i den version som for tiden er gængs. Men til langt de fleste opgaver er det penge som kunne have været anvendt bedre.