Til Linux findes der en stor mængde applikationer. De allerfleste programmer til Linux er gratis og beskyttet af en "Open Source"-lignende licens. Men som man måske ikke skulle tro, kan der købes programmer til Linux. Af hensyn til det frie og uafhængige grundlag for Linux vil disse aldrig udgøre kernen i et Linux-system, men de vil altid være mulige tilføjelser.
Programmer som SAP/R3 og Matlab er kommercielle og sælges kun i binær form, som det kendes fra andre styresystemer. Database-firmaer som Oracle og Informix har frigivet udgaver af deres systemer til Linux, og de er ikke "Open Source".
Til Linux findes forskellige filstyringsprogrammer med grafisk brugergrænseflade som f.eks. dem Gnome og KDE har.
XFTP (xftp) bør også nævnes. Programmet er perfekt til at overføre filer fra en maskine til en anden via FTP. Svarende til Midnight Commander har du de to maskiner i hhv. venstre og højre side af vinduet og med musen vælges, hvad der skal kopieres. Programmet kan også kopiere rekursivt. Desværre bliver programmet ikke længere vedligeholdt og findes normalt ikke i de udbredte Linux-distributioner.
Måske du vil være interesseret i FileRunner, som er et udmærket filstyringsværktøj. FileRunner udmærker sig ved at der er support for musehjul indbygget. Således der ikke skal rettes i programmets opsætnings-filer som det er tilfældet for xterm, emacs, netscape m.fl. Programmet kan hentes fra: http://www.cd.chalmers.se/~hch/filerunner.html.
For folk med DOS-baggrund findes der en god Norton Commander-klon, Midnight Commander (mc). Det kan dog nævnes, at Midnight Commander har et par ekstra funktioner, f.eks. kan du montere diske fra andre maskiner og kopiere frem og tilbage. Tilsvarende er det nemt at koble op til en FTP-konto.
I mc har du farvekoder og symboler til at angive, om filen kan køres (grøn og *), et symbolsk link (reference til anden fil angives med @), kataloger (fed skrift og /) eller en core-fil (levn fra et program, der døde - rød skrifttype). Folkene bag Midnight Commander står også bag et filhåndteringsprogram til Gnome, gmc.